На данный момент на портале государственных услуг реализована возможность электронной оплаты госпошлин для услуг:
Получение или замена ВУ
Регистрация транспортного средства
Государственная регистрация брака
Регистрация расторжения брака

Перечень госуслуг с возможностью оплаты госпошлины через портал со временем будет расширяться.
Чтобы получить скидку:
Подайте заявление на услугу через портал Госуслуг.
Подождите пока ведомство выставит счет на оплату пошлины по вашему заявлению в Личном кабинете и перейдите к оплате.

Выберите безналичный способ для оплаты госпошлины:
Банковская карта (MasterСard, Visa, Мир);
Электронный кошелек (Webmoney, Яндекс.Деньги);
Мобильный телефон (Федеральные операторы).

Если условия соблюдены, то вы получаете скидку на оплату госпошлины.
Оплачивать госпошлины со скидкой можно до 01 января 2019 года — п. 3 ст. 2 ФЗ от 21.07.2014 N 221 «О внесении изменений в главу 25.3 части второй НК РФ».
Обратите внимание — в мобильном приложении Госуслуг скидка также будет применяться с 1 января 2017 года, но информация о ней станет доступна позже.